トロンビン（Thrombin、第IIa因子とも。）は、血液の凝固に関わる酵素（セリンプロテアーゼ）の一種。EC番号はEC 3.4.21.5であり、フィブリノーゲンをフィブリンにする反応を触媒する。遺伝子は人の場合、第十一染色体のp11-q12に存在する。

トロンビンは血液中に存在するプロトロンビン（第II因子）が第V因子によって活性化されることによって生まれる。第V因子、第VIII因子及び第IX因子を活性化させるので凝血反応の中核的な存在であり、血液凝固を阻止する際にはこの酵素の働きを止めることが重要である。

また血小板を活性化することで凝血を促進する機能もある。この場合には血小板表面の受容体（Gタンパク質共役型受容体）を介して働く。